MR. ROBOTの主人公エリオットは、ハッキングで得たデータをDeepSoundというアプリケーションを使って音楽ファイルに埋め込み、それをCDに焼いてコレクションしています。

エリオットの様にDeepSoundを使って音楽ファイルに任意のファイルを埋め込む方法を簡単に解説します。
DeepSoundのインストールと使い方
ここからダウンロードしてインストールします。DeepSoundはWindowsにしか対応していません。クールなツールなのに残念です。
DeepSoundを起動します。上に音楽ファイル、下に隠したいファイルをドラッグアンドドロップで追加します。

「Encode secret files」を押して出力します。この時パスワードを設定することでAES256で暗号化できます。
デフォルトのファイルの出力先は「C:\Users\ユーザーID\Documents\」になっていますが、「Settings」で変更可能です。

ファイルを埋め込んだファイルはもちろん通常通り音楽ファイルとして再生可能です。CD-Rに音楽CDとして焼いた場合、CDプレイヤーで再生とPCに再度取り込んで複合化が可能かどうかは検証していません。
ファイルの取り出し方法は、ファイルをドラッグアンドドロップして対象のファイルを選択後「Extract secret files」を押します。


音楽ファイルのダウンロード方法
劇中に映画をtorrentでダウンロードして観ている描写があることから、おそらく音楽ファイルも購入したものではなくダウンロードしたものかと思われます。
ここからエリオットならこうするだろうなという予想です。
以下のクエリでGoogle検索すると、アーティスト名の曲のmp3ファイルがヒットします。
intitle:”Index of /” and intext:”Apache” and mp3 and アーティスト名

Googleは世界中のウェブサーバーをインデックスしており、膨大な情報をため込んでいます。その中には設定ミス等で公開状態になっているプライベートなディレクトリがインデックスされていることが多々あります。それを見つけるのがこの検索クエリです。

あとは次のようなコマンドでダウンロードしているのではないかと想像します。
wget -nd -r -l1 -A mp3 対象URL